在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研发但是

1、从光敏培养出上皮细胞中分离出DNA化学交联蛋清质

成了分离出来光化学热塑核苷酸质-DNApp物适用LC-MS来讲解，作著开发建设一堆种性变纯化计划方案，可从DNA中去必须化学热塑核苷酸质，仅在直射时来会直接遗传基因组遇到含有DNA化学热塑核苷酸质。用TRIZOL截取染料质并我们要除入狱获的非化学热塑核苷酸，第二将其继续溶于以来RNase代谢酶。来超声检查分割所得到核苷酸质化学热塑DNA的截取物，在硫氰酸胍中蒸煮性变，并在二钝化硅离心力柱上激动洗條以去必须化学热塑核苷酸质随后成功。来核酸酶解决从DNA中放光化学热塑核苷酸，并来胰核苷酸酶代谢酶适用LC-MS来讲解。该方法步骤重新命名为核苷酸质化学热塑DNA截取或XDNAX。

图1.高蛋白质热塑DNA拆分或XDNAX具体过程流程图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可马上沾染DNA的蛋白酶质图谱

将光热塑手段APP于MCF7人体组织，看见了1,805种待选血清，这里面1,191种存有于3个或更加次相似中。60%的DNA主动用处组含有核酸组合的GO参考文献标注，在缺失核酸组合参考文献标注的血清质中，极大的供献存在核纤层血清，再者是操作上色质团体和人体组织裂变的血清质（图2）。

图2 . 可之间打交道 DNA 的淀粉酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3归纳总结了DNA互相的的功效组所隐藏的蛋清质-DNA工具栏和其包含了的核苷酸交连肽。这有根据（1）球状DNA联系成分域、（2）DNA 联系无章区（IDR）和（3）根据与另外的蛋清质（举例子组蛋清联系蛋清）、RNA（举例子剪接指数公式）或相区分区室（举例子核仁蛋清）互相的的功效而促使的学习环境相近。

图3 . 可一直接触性 DNA的构成域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析受损细胞扰动前三天与DNA结合实际的转录细胞

雌生长性雄激素感觉α（ESR1）驻回到胞质溶胶中，一直到遇上其配体，勾起易位到体受损细胞膜质，在哪里它与什么是基因组中的独特领域根据以提高独特的转录小程序。将血清饥饿的MCF7体受损细胞膜泄露于高摄入量雌生长性雄激素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与仿真处置的照表体受损细胞膜相对比较他们的DNA彼此的功效组（图4A）。在其中，雌生长性雄激素有趣后DNA彼此的功效组中的ESR1加大了30倍（图4B）。总的说，在1,814个定量分析的血清质-DNA彼此的功效中，约有9%显视出可超过2倍的更为明显转变 ，并观察植物到与ESR1兼具彼此的功效的血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌荷尔蒙整理甲状腺癌血细胞 DNA 完美功用组的一定量相对较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

探讨走进dna组的营养物质酶质以清析它是怎么样去被读入并付诸实际的，向来是教学科研师有一个长久的的喜欢。dna组可及性包括以DNA为平台的斜度开展探讨，只不过，到当今就行，印染质凝露中的哪几个营养物质酶质与DNA 发生了机械上下级效用尚不清析。的使用零距離光热塑，可发掘DNA上下级效用组中的一般数营养物质酶质，XDNAX科技将为营养物质酶质-DNA上下级效用探讨的强有力辅助工具。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、绘制组学、新陈代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考资料专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.